Зародження та розвиток хірургічного відділення тісно пов’язане з історією усієї лікарні ім М.І Пирогова. Один Із засновників лікарні Л.І Маліновський в квітні 1913 року заклав перший камінь під майбутню операційну. у 1918 році посаду хірурга лікарні обіймає доктор медицини М.М Болярський колишній лікар Петербурзької Обухівської лікарні. Хірург з величезним досвідом, видатний науковець та організатор, він вніс неоціненний вклад не лише в становлення хірургічної служби на Вінниччині, а й стояв біля витоків створення в 1934 році Вінницького медичного інституту, був засновником кафедри факультетської хірургії , близько двох десятиліть очолював Вінницьку Пироговську лікарню.
У воєнні роки хірургічну допомогу населенню надавали проф. Ф.М. Гуляницький, лікарі В.М Мазанік та Є.С Гоф. Протягом 1945-1950 рр. хірургічну службу очолював І.Я Дейнека, ректор медичного інституту, автор понад 180 наукових праць.
1950 рік відновлено зруйнований хірургічний корпус після війни, окрім загальної хірургії були розгорнуті онкологічні та урологічні ліжка. Керівником факультетської хірургії клініки став проф. І.М Грабченко. Колектив впроваджував основні види хірургічних втручань. Зокрема, під керівництвом проф. М.В Даниленка вперше на Поділлі був застосований ендотрахіальний наркоз.
У вересні 1976 р. на базу обласної лікарні була переведена клініка госпітальної хірургії, яку протягом 30 наступних років очолював проф. І.І Мітюк , лауреат Державних премій України. Цей період характеризується розробкою та активним впровадженням відновних та пластичних втручань на органах травного тракту, зокрема-резекційних та органозберігаючих операцій на шлунку при виразковій хворобі, реконструкції кишківника при норицях, хірургічної корекції пострезекційних ускладнень. Вперше на Подільських теренах проф. І.І Мітюк виконував панкреато-дуоденальну резекцію. В розряд звичайних втручань перешли складні реконструктивні операції на позапечінкових жовчних шляхах. Величезна роль в організаційному забезпеченні роботи хірургічного стаціонару належить його завідувачам. В різні роки хірургічне відділення очолювали : М.М Болярський, С.Л. Вещинська, М.Б. Островський, О.Е Кучеренко, І.М. Крук, В.Ф. Литвинов, В.Е Маняк, І.Д Данилюк, Г.О. Павленко, О.А Камінський.
З 2018 року відділення абдомінальної хірургії об’єднано з центром лапароскопічної хірургії і утворено Клінічний високоспеціалізований хірургічний центр з малоінвазивними технологіями.
Нині завідуючим центром є В.Ф Білощицький. Сьогодні хірурги центру виконують високотехнологічні малоінвазивні операції:
- абдомінальній хірургії
- Лапароскопічна/відкрита апендектомія
- Лапароскопічна/відкрита холецистектомія
- Лапароскопічна/відкрита герніопластика гриж передньої черевної стінки
- Лапароскопічне лікування діафрагмальних гриж
- Лапароскопічна/відкрита резекція шлунку, товстого, тонкого кишківника, підшлункової залози
- Реконструктивні операції на жовчовивідних шляхах
- Реконструктивні операції на шлунку та кишківнику
- Хірургічне лікування злоякісних утворень черевної порожнини
- Хірургічне лікування ускладнень виразкової хвороби шлунку та дванадцятипалої кишки
- ургентній хірургії
- проктології
- ендоскопічній хірургії
- естетична хірургія
- лікування хірургічне морбідного ожиріння
- Рукавна резекція шлунку
- MGB
- оперативне лікування злоякісних та доброякісних новоутворень шкіри та підшкірної клітковини
